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Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus Using Answer Set Programming
Indexado
WoS WOS:000329931200025
Scopus SCOPUS_ID:84885824009
DOI 10.1007/978-3-642-40564-8_25
Año 2013
Tipo proceedings paper

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Metabolic network reconstruction is of great biological relevance because it offers a way to investigate the metabolic behavior of organisms. However, reconstruction remains a difficult task at both the biological and computational level. Building on previous work establishing an ASP-based approach to this problem, we present a report from the field resulting in the discovery of new biological knowledge. In fact, for the first time ever, we automatically reconstructed a metabolic network for a macroalgae. We accomplished this by taking advantage of ASP's combined optimization and enumeration capacities. Both computational tasks build on an improved ASP problem representation, incorporating the concept of reversible reactions. Interestingly, optimization greatly benefits from the usage of unsatisfiable cores available in the ASP solver unclasp. Applied to Ectocarpus siliculosus, only the combination of unclasp and clasp allowed us to obtain a metabolic network able to produce all recoverable metabolites among the experimentally measured ones. Moreover, 70% of the identified reactions are supported by an homologous enzyme in Ectocarpus siliculosus, confirming the quality of the reconstructed network from a biological viewpoint.

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Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Collet, Guillaume Hombre CNRS - Francia
INRIA - Chile
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires - Francia
INRIA Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Francia
INRIA-CIRIC - Chile
2 Eveillard, Damien Hombre Univ Nantes - Francia
Université de Nantes - Francia
Nantes Université - Francia
3 Gebser, Martin Hombre Univ Potsdam - Alemania
Universität Potsdam - Alemania
4 Prigent, Sylvain Hombre INRIA - Francia
INRIA - Chile
Université de Rennes 1 - Francia
INRIA Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Francia
INRIA-CIRIC - Chile
5 Schaub, Torsten Hombre Univ Potsdam - Alemania
Universität Potsdam - Alemania
6 Siegel, Anne Mujer CNRS - Francia
INRIA - Francia
INRIA - Chile
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires - Francia
INRIA Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Francia
INRIA-CIRIC - Chile
7 Thiele, Sven Hombre CNRS - Francia
INRIA - Francia
INRIA - Chile
Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires - Francia
INRIA Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique - Francia
INRIA-CIRIC - Chile
8 Cabalar, P -
9 Son, TC -

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Origen de Citas Identificadas



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Citas No-identificadas: 87.5 %

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Citas Identificadas: 12.5 %
Citas No-identificadas: 87.5 %

Financiamiento



Fuente
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Agradecimientos



Agradecimiento
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