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Evaluating the SAT problem on P systems for different high-performance architectures
Indexado
WoS WOS:000338843200018
Scopus SCOPUS_ID:84905583594
DOI 10.1007/S11227-014-1150-9
Año 2014
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Membrane computing is an emergent research area studying the behavior of living cells to define bio-inspired computing devices, also called P systems. Such devices provide polynomial time solutions to NP-complete problems by trading time for space. The efficient simulation of P systems poses three major challenging issues: an intrinsic massive parallelism of P systems, an exponential computational workspace, and a non-intensive floating point nature. This paper analyzes the simulation of a family of recognizer P systems with active membranes that solves the satisfiability problem in linear time on three different architectures: a shared memory multiprocessor, a distributed memory system, and a manycore graphics processing unit (GPU). For an efficient handling of the exponential workspace created by the P systems computation, we enable different data policies on those architectures to increase memory bandwidth and exploit data locality through tiling. Parallelism inherent to the target P system is also managed on each architecture to demonstrate that GPUs offer a valid alternative for high-performance computing at a considerably lower cost. Our results lead to execution time improvements exceeding 310 and 78, respectively, for a much cheaper high-performance alternative.

Revista



Revista ISSN
Journal Of Supercomputing 0920-8542

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Disciplinas de Investigación



WOS
Computer Science, Hardware & Architecture
Computer Science, Theory & Methods
Engineering, Electrical & Electronic
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SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 CECILIA-CANALES, JOSE MARIA Hombre Univ Catolica San Antonio UCAM - España
Universidad Católica de Murcia - España
2 GARCIA-CARRASCO, JOSE MANUEL Hombre UNIV MURCIA - España
Universidad de Murcia - España
3 Guerrero, Gines D. Hombre Universidad de Chile - Chile
4 Ujaldon, Manuel Hombre Univ Malaga - España
Universidad de Málaga - España

Muestra la afiliación y género (detectado) para los co-autores de la publicación.

Financiamiento



Fuente
European Commission
Junta de Andalucía
Fundacion Seneca
Junta de Andalucía
Spanish MEC
Fundación Séneca
Comisión Interministerial de Ciencia y Tecnología
Junta de Andalucia under Project of Excellence
Fundacion Seneca (Agencia Regional de Ciencia y Tecnologia, Region de Murcia)
European Commission FEDER
Junta de Andalucia under Project of Excellence
Fundacion Seneca (Agencia Regional de Ciencia y Tecnologia, Region de Murcia)
European Commission FEDER
Universidad Catolica San Antonio de Murcia (UCAM)
Comunidad Autónoma de la Región de Murcia
Comunidad Autónoma de la Región de Murcia
Universidad Católica San Antonio de Murcia
Agencia Regional de Ciencia y Tecnología

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
This work was jointly supported by the Fundacion Seneca (Agencia Regional de Ciencia y Tecnologia, Region de Murcia) under grant 15290/PI/2010, the Spanish MEC and European Commission FEDER under grant TIN2012-31345, the Junta de Andalucia under Project of Excellence P12-TIC-1741, the Universidad Catolica San Antonio de Murcia (UCAM) under grant PMAFI/26/12 and the supercomputing infrastructure of the NLHPC (ECM-02). We also thank NVIDIA for hardware donation under CUDA Teaching Center 2011-14, CUDA Research Center 2012-14 and CUDA Fellow 2012-14 Awards. Finally, we want to thank all reviewers of this paper for the valuable suggestions they gave us to improve the overall quality of this paper.
Acknowledgments This work was jointly supported by the Fundación Séneca (Agencia Regional de Ciencia y Tecnología, Región de Murcia) under grant 15290/PI/2010, the Spanish MEC and European Commission FEDER under grant TIN2012-31345, the Junta de Andalucía under Project of Excellence P12-TIC-1741, the Universidad Católica San Antonio de Murcia (UCAM) under grant PMAFI/26/12 and the supercomputing infrastructure of the NLHPC (ECM-02). We also thank NVIDIA for hardware donation under CUDA Teaching Center 2011-14, CUDA Research Center 2012-14 and CUDA Fellow 2012-14 Awards. Finally, we want to thank all reviewers of this paper for the valuable suggestions they gave us to improve the overall quality of this paper.

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