La diferencia morfológica entre sexos puede variar reflejando la calidad de vida dominante en una población. La información para San Pedro de Atacama es analizada para evaluar a partir de una muestra de 624 individuos y 35 variables craneométricas. Las diferencias entre sexos se analizaron con las pruebas ANCOVA y MANCOVA para una y dos vías con covariantes, según el caso. El análisis discriminante (DA) permitió evaluar la clasificación del sexo en cada individuo. La mayoría de las mediciones dieron valores medios mayores en los hombres con relación a las mujeres. No obtuvimos pruebas suficientes respecto de la variación del SD en el tiempo. Esto indica que los cambios en las condiciones de vida registrados durante 60 generaciones con otros marcadores no influyeron sustancialmente en el desarrollo normal del cráneo en ambos sexos.