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Ligand binding and homology modelling of insect odorant-binding proteins
Indexado
WoS WOS:000340895200001
Scopus SCOPUS_ID:84906228303
DOI 10.1111/PHEN.12066
Año 2014
Tipo revisión

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



This review describes the main characteristics of odorant-binding proteins (OBPs) for homology modelling and presents a summary of structure prediction studies on insect OBPs, along with the steps involved and some limitations and improvements. The technique involves a computing approach to model protein structures and is based on a comparison between a target (unknown structure) and one or more templates (experimentally determined structures). As targets for structure prediction, OBPs are considered to play a functional role for recognition, desorption, scavenging, protection and transportation of hydrophobic molecules (odourants) across an aqueous environment (lymph) to olfactory receptor neurones (ORNs) located in sensilla, the main olfactory units of insect antennae. Lepidopteran pheromone-binding proteins, a subgroup of OBPs, are characterized by remarkable structural features, in which high sequence identities (approximately 30%) among these OBPs and a large number of available templates can facilitate the prediction of precise homology models. Approximately 30 studies have been performed on insect OBPs using homology modelling as a tool to predict their structures. Although some of the studies have assessed ligand-binding affinity using structural information and biochemical measurements, few have performed docking and molecular dynamic (MD) simulations as a virtual method to predict best ligands. Docking and MD simulations are discussed in the context of discovery of novel semiochemicals (super-ligands) using homology modelling to conceive further strategies in insect management.

Revista



Revista ISSN
Physiological Entomology 0307-6962

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Disciplinas de Investigación



WOS
Entomology
Scopus
Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Venthur, Herbert Hombre Universidad de La Frontera - Chile
Rothamsted Res - Reino Unido
Rothamsted Research - Reino Unido
2 MUTIS-TEJOS, ANA ALICIA Mujer Universidad de La Frontera - Chile
3 Zhou, Jing-Jiang - Rothamsted Res - Reino Unido
Rothamsted Research - Reino Unido
4 QUIROZ-CORTEZ, ANDRES EDUARDO Hombre Universidad de La Frontera - Chile

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Origen de Citas Identificadas



Muestra la distribución de países cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 10.2 %
Citas No-identificadas: 89.8 %

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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 10.2 %
Citas No-identificadas: 89.8 %

Financiamiento



Fuente
CONICYT
Biotechnology and Biological Sciences Research Council
BBSRC
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) of the U.K.

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Agradecimientos



Agradecimiento
We would like to thank Dr Andres Avila for valuable and helpful comments on an earlier version of the manuscript. This work was supported by CONICYT (21110933). We also thank two reviewers and the Editor, Dr Rob Weaver, for their professional and valuable comments that improved this work. Rothamsted Research receives grant-aided support from the Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) of the U.K.

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