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Gold-standard and improved framework for sperm head segmentation
Indexado
WoS WOS:000343091400017
Scopus SCOPUS_ID:84908024598
DOI 10.1016/J.CMPB.2014.06.018
Año 2014
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Semen analysis is the first step in the evaluation of an infertile couple. Within this process, an accurate and objective morphological analysis becomes more critical as it is based on the correct detection and segmentation of human sperm components. In this paper, we present an improved two-stage framework for detection and segmentation of human sperm head characteristics (including acrosome and nucleus) that uses three different color spaces. The first stage detects regions of interest that define sperm heads, using k-means, then candidate heads are refined using mathematical morphology. In the second stage, we work on each region of interest to segment accurately the sperm head as well as nucleus and acrosome, using clustering and histogram statistical analysis techniques. Our proposal is also characterized by being fully automatic, where a user intervention is not required. Our experimental evaluation shows that our proposed method outperforms the state-of-the-art. This is supported by the results of different evaluation metrics. In addition, we propose a gold-standard built with the cooperation of a referent expert in the field, aiming to compare methods for detecting and segmenting sperm cells. Our results achieve notable improvement getting above 98% in the sperm head detection process at the expense of having significantly fewer false positives obtained by the state-of-the-art method. Our results also show an accurate head, acrosome and nucleus segmentation achieving over 80% overlapping against hand-segmented gold-standard. Our method achieves higher Dice coefficient, lower Hausdorff distance and less dispersion with respect to the results achieved by the state-of-the-art method. (C) 2014 Elsevier Ireland Ltd. All rights reserved.

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Disciplinas de Investigación



WOS
Computer Science, Interdisciplinary Applications
Computer Science, Theory & Methods
Engineering, Biomedical
Medical Informatics
Scopus
Computer Science Applications
Software
Health Informatics
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



Muestra la distribución de colaboración, tanto nacional como extranjera, generada en esta publicación.


Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Chang, Violeta Mujer Universidad de Chile - Chile
2 SAAVEDRA-RONDO, JOSE MANUEL Hombre Universidad de Chile - Chile
ORAND SA - Chile
ORAND S.A. - Chile
3 CASTANEDA-ZEMAN, VICTOR ANTONIO Hombre Universidad de Chile - Chile
4 SARABIA-VILLAR, LUIS Hombre Universidad de Chile - Chile
5 HITSCHFELD-KAHLER, NANCY VIOLA Mujer Universidad de Chile - Chile
6 HAERTEL-GRUNDLER, STEFFEN Hombre Universidad de Chile - Chile

Muestra la afiliación y género (detectado) para los co-autores de la publicación.

Origen de Citas Identificadas



Muestra la distribución de países cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 5.56 %
Citas No-identificadas: 94.44 %

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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 5.56 %
Citas No-identificadas: 94.44 %

Financiamiento



Fuente
FONDECYT
CONICYT
Fondef
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
Fondo de Fomento al Desarrollo Científico y Tecnológico
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica
Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica
Fondo de Fomento al Desarrollo Científico y Tecnológico
Biomedical Neuroscience Institute
Biomedical Neuroscience Institute (BNI)
U-Redes BioMedHPC
CONICYT (NAC-DoctoradoLatin)
CONICYT (NAC-ApoyoTesis)

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
The authors thank E. Labbe for support with the drawings of gold-standard. The authors thank A. Garcia for support with Fig. 1. Research in SCIAN-Lab (S. Hartel) is funded by FONDECYT (1120579), FONDEF (D11I1096), and the Biomedical Neuroscience Institute (BNI, ICM P09-015-F). SCIAN-Lab is a selected member of the German-Chilean Center of Excellence Initiative (DAAD). Violeta Chang was partially funded by CONICYT (NAC-DoctoradoLatin 57090057/NAC-ApoyoTesis 24100118) and she is partially funded by FONDECYT (1020579). Jose M. Saavedra is partially funded by CONICYT (PAI-78120425). Victor Castaneda is funded by FONDECYT (3140444) and U-Redes BioMedHPC.
The authors thank E. Labbe for support with the drawings of gold-standard. The authors thank A. Garcia for support with Fig. 1 . Research in SCIAN-Lab (S. Härtel) is funded by FONDECYT ( 1120579 ), FONDEF ( D11I1096 ), and the Biomedical Neuroscience Institute (BNI, ICM P09-015-F ). SCIAN-Lab is a selected member of the German-Chilean Center of Excellence Initiative (DAAD). Violeta Chang was partially funded by CONICYT (NAC-DoctoradoLatin 57090057/NAC-ApoyoTesis 24100118) and she is partially funded by FONDECYT (1020579). Jose M. Saavedra is partially funded by CONICYT ( PAI-78120425 ). Victor Castañeda is funded by FONDECYT (3140444) and U-Redes BioMedHPC.

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