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Mathematical programming strategies for solving the minimum common string partition problem
Indexado
WoS WOS:000348953300006
Scopus SCOPUS_ID:84920528755
DOI 10.1016/J.EJOR.2014.10.049
Año 2015
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



The minimum common string partition problem is an NP-hard combinatorial optimization problem with applications in computational biology. In this work we propose the first integer linear programming model for solving this problem. Moreover, on the basis of the integer linear programming model we develop a deterministic 2-phase heuristic which is applicable to larger problem instances. The results show that provenly optimal solutions can be obtained for problem instances of small and medium size from the literature by solving the proposed integer linear programming model with CPLEX. Furthermore, new best-known solutions are obtained for all considered problem instances from the literature. Concerning the heuristic, we were able to show that it outperforms heuristic competitors from the related literature. (C) 2014 Elsevier B.V. All rights reserved.

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Disciplinas de Investigación



WOS
Operations Research & Management Science
Scopus
Computer Science (All)
Management Science And Operations Research
Modeling And Simulation
Information Systems And Management
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Blum, Christian Hombre Univ Basque Country UPV EHU - España
Ikerbasque - España
Universidad del País Vasco - España
Ikerbasque, the Basque Foundation for Science - España
Ikerbasque, Basque Foundation for Science - España
2 Lozano, Jose A. Hombre Univ Basque Country UPV EHU - España
Universidad del País Vasco - España
3 PINACHO-DAVIDSON, PEDRO PABLO Hombre Univ Basque Country UPV EHU - España
Universidad Santo Tomás - Chile
Universidad del País Vasco - España

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Origen de Citas Identificadas



Muestra la distribución de países cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 9.09 %
Citas No-identificadas: 90.91 %

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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 9.09 %
Citas No-identificadas: 90.91 %

Financiamiento



Fuente
Spanish Ministry of Science and Innovation
Ministerio de Ciencia e Innovación
Spanish Government
Ministerio de Ciencia e Innovación
Eusko Jaurlaritza
Ikerbasque, Basque Foundation for Science
COMBIOMED network in computational bio-medicine (Carlos III Health Institute)
Saiotek

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
C. Blum was supported by project TIN2012-37930 of the Spanish Government. In addition, support is acknowledged from Ikerbasque, Basque Foundation for Science. J. A. Lozano was partially supported by the Saiotek and IT609-13 programs (Basque Government), TIN2013-41272-P (Spanish Ministry of Science and Innovation), COMBIOMED network in computational bio-medicine (Carlos III Health Institute). Our experiments have been executed in the High Performance Computing environment managed by RDlab (http://rdlab.lsi.upc.edu) and we would like to thank them for their support.
C. Blum was supported by project TIN2012-37930 of the Spanish Government. In addition, support is acknowledged from Ikerbasque, Basque Foundation for Science. J. A. Lozano was partially supported by the Saiotek and IT609-13 programs ( Basque Government ), TIN2013-41272-P (Spanish Ministry of Science and Innovation), COMBIOMED network in computational bio-medicine (Carlos III Health Institute). Our experiments have been executed in the High Performance Computing environment managed by RDlab ( http://rdlab.lsi.upc.edu ) and we would like to thank them for their support.

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