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Metagenomic analysis reveals adaptations to a cold-adapted lifestyle in a low-temperature acid mine drainage stream
Indexado
WoS WOS:000355327300002
Scopus SCOPUS_ID:84942673444
DOI 10.1093/FEMSEC/FIV011
Año 2015
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



An acid mine drainage (pH 2.5-2.7) stream biofilm situated 250 m below ground in the low-temperature (6-10 degrees C) Kristineberg mine, northern Sweden, contained a microbial community equipped for growth at low temperature and acidic pH. Metagenomic sequencing of the biofilm and planktonic fractions identified the most abundant microorganism to be similar to the psychrotolerant acidophile, Acidithiobacillus ferrivorans. In addition, metagenome contigs were most similar to other Acidithiobacillus species, an Acidobacteria-like species, and a Gallionellaceae-like species. Analyses of the metagenomes indicated functional characteristics previously characterized as related to growth at low temperature including cold-shock proteins, several pathways for the production of compatible solutes and an anti-freeze protein. In addition, genes were predicted to encode functions related to pH homeostasis and metal resistance related to growth in the acidic metal-containing mine water. Metagenome analyses identified microorganisms capable of nitrogen fixation and exhibiting a primarily autotrophic lifestyle driven by the oxidation of the ferrous iron and inorganic sulfur compounds contained in the sulfidic mine waters. The study identified a low diversity of abundant microorganisms adapted to a low-temperature acidic environment as well as identifying some of the strategies the microorganisms employ to grow in this extreme environment.

Revista



Revista ISSN
Fems Microbiology Ecology 0168-6496

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Disciplinas de Investigación



WOS
Microbiology
Scopus
Applied Microbiology And Biotechnology
Ecology
Microbiology
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Liljeqvist, Maria Mujer Umea Univ - Suecia
Umeå Universitet - Suecia
2 OSSANDON-CABRERA, FRANCISCO JAVIER Hombre Universidad Nacional Andrés Bello - Chile
3 GONZALEZ-SILVA, CAROLINA BLANCA Mujer Universidad Nacional Andrés Bello - Chile
Fraunhofer Chile Res Fdn - Chile
Fraunhofer Chile Research Foundation - Chile
4 Rajan, Sukithar - Linnaeus Univ - Suecia
Linnaeus University, Kalmar - Suecia
5 Stell, Adam Hombre Linnaeus Univ - Suecia
Linnaeus University, Kalmar - Suecia
6 VALDES-SAAVEDRA, JORGE RUBEN Hombre Fraunhofer Chile Res Fdn - Chile
Fraunhofer Chile Research Foundation - Chile
7 HOLMES, DAVID SALWAY Hombre Universidad Nacional Andrés Bello - Chile
8 Dopson, Mark Hombre Umea Univ - Suecia
Linnaeus Univ - Suecia
Umeå Universitet - Suecia
Linnaeus University, Kalmar - Suecia

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Origen de Citas Identificadas



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Citas Identificadas: 17.54 %
Citas No-identificadas: 82.46000000000001 %

Financiamiento



Fuente
FONDECYT
InnovaCHILE-CORFO
Swedish Research Council (Vetenskapsradet)
JC Kempe Stiftelserna

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Agradecimientos



Agradecimiento
MD would like to thank the JC Kempe Stiftelserna and Swedish Research Council (Vetenskapsradet contract number 621-2007-3537) for financial support. DH acknowledges Fondecyt 1130683. JV was supported by grants from FONDECYT (11110434) and InnovaChile-CORFO (FCR-CSB 09CEII-6991).

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