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The unexpected structure of the designed protein Octarellin V.1 forms a challenge for protein structure prediction tools
Indexado
WoS WOS:000377735300003
DOI 10.1016/J.JSB.2016.05.004
Año 2016
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Despite impressive successes in protein design, designing a well-folded protein of more 100 amino acids de novo remains a formidable challenge. Exploiting the promising biophysical features of the artificial protein Octarellin V, we improved this protein by directed evolution, thus creating a more stable and soluble protein: Octarellin V.1. Next, we obtained crystals of Octarellin V.1 in complex with crystallization chaperons and determined the tertiary structure. The experimental structure of Octarellin V.1 differs from its in silico design: the (alpha beta alpha) sandwich architecture bears some resemblance to a Rossman-like fold instead of the intended TIM-barrel fold. This surprising result gave us a unique and attractive opportunity to test the state of the art in protein structure prediction, using this artificial protein free of any natural selection. We tested 13 automated webservers for protein structure prediction and found none of them to predict the actual structure. More than 50% of them predicted a TIM-barrel fold, i.e. the structure we set out to design more than 10 years ago. In addition, local software runs that are human operated can sample a structure similar to the experimental one but fail in selecting it, suggesting that the scoring and ranking functions should be improved. We propose that artificial proteins could be used as tools to test the accuracy of protein structure prediction algorithms, because their lack of evolutionary pressure and unique sequences features. (C) 2016 Elsevier Inc. All rights reserved.

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Disciplinas de Investigación



WOS
Cell Biology
Biochemistry & Molecular Biology
Biophysics
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Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 FIGUEROA-YEVENES, MAXIMILIANO Hombre Univ Liege - Bélgica
Universidad de Concepción - Chile
2 Sleutel, Mike Hombre Vrije Univ Brussel - Bélgica
3 Vandevenne, Marylene - Univ Liege - Bélgica
4 Parvizi, Gregory Hombre Univ Liege - Bélgica
5 Attout, Sophie Mujer Univ Liege - Bélgica
6 Jacquin, Olivier Hombre Univ Liege - Bélgica
7 Vandenameele, Julie Mujer Univ Liege - Bélgica
8 Fischer, Axel W. Hombre Vanderbilt Univ - Estados Unidos
9 Damblon, Christian Hombre Univ Liege - Bélgica
10 Goormaghtigh, Erik Hombre Univ Libre Bruxelles - Bélgica
11 Valerio-Lepiniec, Marie Mujer Univ Paris 11 - Francia
12 Urvoas, Agathe Mujer Univ Paris 11 - Francia
13 Durand, Dominique - Univ Paris 11 - Francia
14 Pardon, Els Mujer Vrije Univ Brussel - Bélgica
VIB - Bélgica
15 Steyaert, Jan Hombre Vrije Univ Brussel - Bélgica
VIB - Bélgica
16 Minard, Philippe Hombre Univ Paris 11 - Francia
17 Maes, Dominique - Vrije Univ Brussel - Bélgica
18 Meiler, Jens Hombre Vanderbilt Univ - Estados Unidos
19 Matagne, Andre Hombre Univ Liege - Bélgica
20 Martial, Joseph A. Hombre Univ Liege - Bélgica
21 van de Weerdt, C. Mujer Univ Liege - Bélgica

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Origen de Citas Identificadas



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Citas Identificadas: 18.18 %
Citas No-identificadas: 81.82 %

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Citas Identificadas: 18.18 %
Citas No-identificadas: 81.82 %

Financiamiento



Fuente
European Space Agency
Belgian Science Policy (BELSPO)
Wallonie-Bruxelles International (WBI)

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Agradecimientos



Agradecimiento
The present work was supported in part by the European Space Agency under contract No. ESA AO-2004-070. M.F. acknowledges Wallonie-Bruxelles International (WBI) and Belgian Science Policy (BELSPO) for postdoctoral fellowships. We also thank Piriscucha D'Esneux for streak seeding assistance, Jordane Delbecq for technical assistance and Aline Lausberg for her comments regarding the manuscript.

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