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Protocol for qRT-PCR analysis from formalin fixed paraffin embedded tissue sections from diffuse large b-cell lymphoma: Validation of the six-gene predictor score
Indexado
WoS WOS:000391352800111
Scopus SCOPUS_ID:85004028160
DOI 10.18632/ONCOTARGET.13066
Año 2016
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



As a part of an international study on the molecular analysis of Diffuse Large B-cell Lymphoma (DLBCL), a robust protocol for gene expression analysis from RNA extraction to qRT-PCR using Formalin Fixed Paraffin Embedded tissues was developed. Here a study was conducted to define a strategy to validate the previously reported 6-gene (LMO2, BCL6, FN1, CCND2, SCYA3 and BCL2) model as predictor of prognosis in DLBCL. To avoid variation, all samples were tested in a single centre and single platform. This study comprised 8 countries (Brazil, Chile, Hungary, India, Philippines, S. Korea, Thailand and Turkey). Using the Kaplan-Meier and log rank test on patients (n=162) and two mortality risk groups (with those above and below the mean representing high and low risk groups) confirmed that the 6-gene predictor score correlates significantly with overall survival (OS, p< 0.01) but not with event free survival (EFS, p= 0.18). Adding the International Prognostic Index (IPI) shows that the 6-gene predictor score correlates significantly with high IPI scores for OS (p< 0.05), whereas those with low IPI scores show a trend not reaching significance (p= 0.08). This study defined an effective and economical qRT-PCR strategy and validated the 6-gene score as a predictor of OS in an international setting.

Revista



Revista ISSN
Oncotarget 1949-2553

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Disciplinas de Investigación



WOS
Cell Biology
Oncology
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Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Tekin, Nilgun - Ankara Univ - Turquía
Leibniz Inst Expt Virol - Alemania
Ankara Üniversitesi - Turquía
Heinrich-Pette-Institut Leibniz-Institut für Experimentelle Virologie - Alemania
2 Omidvar, Nader Hombre Cardiff Univ - Reino Unido
Cardiff University - Reino Unido
3 Morris, Timothy Hombre Univ Coll UCL - Reino Unido
UCL - Reino Unido
University College London - Reino Unido
4 CONGET-MOLINA, PAULETTE ANDREA Mujer Univ Desarrollo Santiago - Chile
Universidad del Desarrollo - Chile
Clínica Alemana - Chile
5 BRUNA-TELLO, FLAVIA Mujer Univ Desarrollo Santiago - Chile
Universidad del Desarrollo - Chile
Clínica Alemana - Chile
6 Timar, Botond Hombre Semmelweis Univ - Hungría
Semmelweis Egyetem - Hungría
7 Gagyi, Eva - Semmelweis Univ - Hungría
Semmelweis Egyetem - Hungría
8 Basak, Ranjan Hombre Tata Mem Hosp - India
Tata Memorial Hospital - India
9 Naik, Omkar - Tata Mem Hosp - India
Tata Memorial Hospital - India
10 Auewarakul, Chirayu - Faculty of Medicine, Siriraj Hospital, Mahidol University - Tailandia
Siriraj Hosp - Tailandia
Siriraj Hospital - Tailandia
10 Auewarkul, Chirayu - Siriraj Hosp - Tailandia
11 Sritana, Narongrit - Siriraj Hosp - Tailandia
Faculty of Medicine, Siriraj Hospital, Mahidol University - Tailandia
Siriraj Hospital - Tailandia
12 Levy, Debora Mujer UNIV SAO PAULO - Brasil
Universidade de Sao Paulo - USP - Brasil
Universidade de São Paulo - Brasil
13 Cerci, Juliano Julio Hombre Dept Nucl Med Quanta Diag & Terapia - Brasil
14 Bydlowski, Sergio Paulo Hombre UNIV SAO PAULO - Brasil
Universidade de Sao Paulo - USP - Brasil
Universidade de São Paulo - Brasil
15 PEREIRA, J Mujer UNIV SAO PAULO - Brasil
Universidade de Sao Paulo - USP - Brasil
Universidade de São Paulo - Brasil
16 Dimamay, Mark Pierre Hombre St Lukes Med Ctr - Filipinas
St Luke's Medical Centre - Filipinas
St. Luke’s Medical Center - Filipinas
17 Natividad, Filipinas - St Lukes Med Ctr - Filipinas
St Luke's Medical Centre - Filipinas
St. Luke’s Medical Center - Filipinas
18 Chung, June-Key Mujer Seoul Natl Univ Hosp - Corea del Sur
Seoul National University Hospital - Corea del Sur
19 Belder, Nevin Mujer Ankara Univ - Turquía
Ankara Üniversitesi - Turquía
20 Kuzu, Isinsu - Ankara Univ - Turquía
Ankara University, Faculty of Medicine - Turquía
Ankara Üniversitesi - Turquía
21 PAEZ-GUTIERREZ, DIANA Mujer IAEA - Austria
International Atomic Energy Agency, Vienna - Austria
22 Dondi, Maurizio Hombre IAEA - Austria
International Atomic Energy Agency, Vienna - Austria
23 Carr, Robert Hombre Kings Coll London - Reino Unido
Guy's and St Thomas' NHS Foundation Trust - Reino Unido
24 Ozdag, Hilal Mujer Ankara Univ - Turquía
Ankara Üniversitesi - Turquía
25 Padua, Rose-Ann Mujer Univ Paris Diderot - Francia
Universite Paris 7- Denis Diderot - Francia
Hémopathies Myéloïdes : Cellules Souches, Modèles Précliniques, Recherche Translationnelle - Francia

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Financiamiento



Fuente
IAEA

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Agradecimientos



Agradecimiento
This research was supported as Coordinated Research Project with the project number E1.50.20 by the IAEA. We acknowledge the contributions of the following haemato/oncologists who provided the clinical samples and patient details and follow-up: Patricia Fardella (Chile), Tamas Masszi (Hungary), Andrea Sipos (Hungary), Reena Nair (India), Noppadol Siritanaratkul (Thailand), Renata Cost (Brazil), Maejoy Vena Campo (Philippines), Sunyang Park (Korea), Muhit Ozcan (Turkey) and Sally Babikir (IAEA) for administrative assistance.

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