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The repertoire of candidate archaeal noncoding RNAs and their association with temperature adaptation
Indexado
Scopus SCOPUS_ID:105007852741
DOI 10.1016/J.BIOSYSTEMS.2025.105519
Año 2025
Tipo

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Noncoding RNAs (ncRNAs) play a crucial role in the fine-tuning regulation of cells in all domains of life. In archaea, ncRNAs remain poorly studied, with only a few ncRNA classes well characterised. Archaea are renowned for their ability to survive in harsh environments, though they have been discovered in a variety of other habitats as well. We have determined the ncRNA candidate repertoire across 270 archaeal genomes using secondary structure inferences and sequence similarity searches. Here, 33 non-coding RNA classes were identified in these genomes. The correlation between all ncRNA classes and optimal growth temperature (OGT) was R2 0.65. Phylogenetic analysis based on multiple alignments of a set of highly conserved proteins revealed preferences for ncRNA classes at the phylum and genus levels. All of the ncRNA data generated by this study reveals a correlation between the genomic abundance of specific ncRNA classes and the optimal growth temperature, especially for the sRNA C/D box type. All the genomic and ncRNA archaeal data generated is a valuable resource that will stimulate experimentalists to investigate whether or not their predicted ncRNAs are correct and biologically meaningful, boosting further associative studies using the unique features of this domain.

Revista



Revista ISSN
Biosystems 0303-2647

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Disciplinas de Investigación



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Biology
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Applied Mathematics
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Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Arias-Carrasco, Raúl - Universidad Tecnológica Metropolitana - Chile
2 Aliaga-Tobar, Victor - Universidad Mayor - Chile
3 ABADES-TORRES, SEBASTIAN RUY Hombre Universidad Mayor - Chile
4 Maracaja-Coutinho, Vinicius Hombre Universidad de Chile - Chile

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Financiamiento



Fuente
Universidad Mayor
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo

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Agradecimientos



Agradecimiento
This work was supported by grants from Agencia Nacional de Investigaci\u00F3n y Desarrollo (ANID) [FONDECYT 11161020; PAI-CONICYT PAI79170021; ANID/STIC-AmSud STIC2020008 to V.M.C. and FONDECYT 1170995 to S.A.]. R.A.C and V.A.T. received Ph.D. fellowships from Vicerrector\u00EDa de Investigaci\u00F3n, Universidad Mayor, Chile.

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