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The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations
Indexado
WoS WOS:001458003600001
Scopus SCOPUS_ID:105001997599
DOI 10.1038/S41592-025-02635-0
Año 2025
Tipo material editorial

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Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

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Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



In the Big Data era, a change of paradigm in the use of molecular dynamics is required. Trajectories should be stored under FAIR (findable, accessible, interoperable and reusable) requirements to favor its reuse by the community under an open science paradigm.

Revista



Revista ISSN
Nature Methods 1548-7091

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Biochemical Research Methods
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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Amaro, Rommie E. - Univ Calif San Diego - Estados Unidos
Department of Molecular Biology - Estados Unidos
2 Aqvist, Johan - UPPSALA UNIV - Suecia
Uppsala Universitet - Suecia
3 Bahar, Ivet - SUNY Stony Brook - Estados Unidos
Stony Brook Univ Hosp - Estados Unidos
Stony Brook University - Estados Unidos
Renaissance School of Medicine at Stony Brook University - Estados Unidos
4 Battistini, Federica - Univ Barcelona - España
Universitat de Barcelona - España
5 Bellaiche, Adam - European Bioinformat Inst - Reino Unido
EMBL’s European Bioinformatics Institute - Reino Unido
6 Beltran, Daniel - Inst Res Biomed IRB Barcelona - España
IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine - España
7 Biggin, Philip C. - UNIV OXFORD - Reino Unido
University of Oxford Medical Sciences Division - Reino Unido
8 Bonomi, Massimiliano - Univ Paris Cite - Francia
Université Paris Cité - Francia
9 Bowman, Gregory R. - UNIV PENN - Estados Unidos
University of Pennsylvania - Estados Unidos
10 Bryce, Richard A. - UNIV MANCHESTER - Reino Unido
Faculty of Biology, Medicine and Health - Reino Unido
11 Bussi, Giovanni - Scuola Int Super Studi Avanzati SISSA - Italia
Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati - Italia
12 Carloni, Paolo - FORSCHUNGSZENTRUM JULICH - Alemania
Univ Hosp RWTH Aachen - Alemania
Uniklinik RWTH Aachen - Alemania
13 Case, David A. - RUTGERS STATE UNIV - Estados Unidos
Rutgers Univ New Brunswick - Estados Unidos
14 Cavalli, Andrea - Ist Italiano Tecnol - Italia
Ecole Polytech Fed Lausanne EPFL - Suiza
Istituto Italiano di Tecnologia - Italia
Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne - Suiza
15 Chang, Chia-En A. - Univ Calif Riverside - Estados Unidos
University of California, Riverside - Estados Unidos
16 Cheatham, Thomas E. - Univ Utah - Estados Unidos
University of Utah Health - Estados Unidos
17 Cheung, Margaret S. - UNIV WASHINGTON - Estados Unidos
Pacific Northwest Natl Lab - Estados Unidos
University of Washington - Estados Unidos
Pacific Northwest National Laboratory - Estados Unidos
18 Chipot, Christophe - Univ Lorraine - Francia
UNIV ILLINOIS - Estados Unidos
UNIV CHICAGO - Estados Unidos
Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques - Francia
The Grainger College of Engineering - Estados Unidos
Department of Biochemistry and Molecular Biology, The University of Chicago - Estados Unidos
19 Chong, Lillian T. - Univ Pittsburgh - Estados Unidos
University of Pittsburgh - Estados Unidos
20 Choudhary, Preeti - European Bioinformat Inst - Reino Unido
EMBL’s European Bioinformatics Institute - Reino Unido
21 Cisneros, G. Andres - Univ Texas Dallas - Estados Unidos
The University of Texas at Dallas - Estados Unidos
22 Clementi, Cecilia - Freie Univ - Alemania
Freie Universität Berlin - Alemania
23 Collepardo-Guevara, Rosana - UNIV CAMBRIDGE - Reino Unido
Department of Physics - Reino Unido
University of Cambridge - Reino Unido
24 Coveney, Peter - Univ London Univ Coll - Reino Unido
Univ Amsterdam - Países Bajos
University College London - Reino Unido
Universiteit van Amsterdam - Países Bajos
25 Covino, Roberto - Goethe Univ Frankfurt - Alemania
Frankfurt Inst Adv Studies - Alemania
Goethe-Universität Frankfurt am Main - Alemania
Frankfurt Institute for Advanced Studies - Alemania
26 Crawford, T. Daniel - Mol Sci Software Inst - Estados Unidos
Virginia Tech - Estados Unidos
Molecular Sciences Software Institute - Estados Unidos
Virginia Polytechnic Institute and State University - Estados Unidos
27 Dal Peraro, Matteo - Ecole Polytech Fed Lausanne EPFL - Suiza
Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne - Suiza
28 Hernandez, Rigoberto - Max Planck Inst Multidisciplinary Sci - Alemania
Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences - Alemania
Johns Hopkins Univ - Estados Unidos
29 Delemotte, Lucie - KTH Royal Inst Technol - Suecia
The Royal Institute of Technology (KTH) - Suecia
30 De Vivo, Marco - Ist Italiano Tecnol - Italia
Istituto Italiano di Tecnologia - Italia
31 Essex, Jonathan W. - Univ Southampton - Reino Unido
University of Southampton - Reino Unido
32 Fraternali, Franca - Univ Coll London & Birkbeck - Reino Unido
University College London - Reino Unido
33 Gao, Jiali - Univ Minnesota - Estados Unidos
College of Science and Engineering - Estados Unidos
34 Gelpi, Josep Ll. - Univ Barcelona - España
Barcelona Supercomp Ctr BSC - España
Universitat de Barcelona - España
Centro Nacional de Supercomputación - España
35 Gervasio, Francesco L. - Univ Geneva - Suiza
UCL - Reino Unido
Swiss Inst Bioinformat - Suiza
Université de Genève - Suiza
Institute of Pharmaceutical Sciences of Western Switzerland - Suiza
University College London - Reino Unido
SIB Swiss Institute of Bioinformatics - Suiza
36 Gonzalez-Nilo, Fernando D. - Universidad Nacional Andrés Bello - Chile
Facultad de Ciencias de la Vida - Chile
37 Grubmueller, Helmut - Max Planck Inst Multidisciplinary Sci - Alemania
Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences - Alemania
38 Guenza, Marina G. - UNIV OREGON - Estados Unidos
University of Oregon - Estados Unidos
39 Guzman, Horacio V. - Inst Ciencia Mat Barcelona ICMAB CSIC - España
CSIC - Instituto de Ciencia de Materiales de Barcelona (ICMAB) - España
40 Harris, Sarah - UNIV SHEFFIELD - Reino Unido
The University of Sheffield - Reino Unido
41 Head-Gordon, Teresa - UNIV CALIF BERKELEY - Estados Unidos
Pitzer Center for Theoretical Chemistry - Estados Unidos
42 Hernandez, Rigoberto - Max Planck Inst Multidisciplinary Sci - Alemania
Max Planck Institute for Multidisciplinary Sciences - Alemania
Johns Hopkins Univ - Estados Unidos
43 Hospital, Adam - Inst Res Biomed IRB Barcelona - España
Spanish Natl Bioinformat Inst INB ELIXIR ES - España
IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine - España
National Institute for Bioinformatics (INB) - España
44 Huang, Niu - Natl Inst Biol Sci - China
National Institute of Biological Sciences, Beijing - China
45 Huang, Xuhui - Univ Wisconsin Madison - Estados Unidos
University of Wisconsin-Madison - Estados Unidos
46 Hummer, Gerhard - Max Planck Inst Biophys - Alemania
Goethe Univ Frankfurt - Alemania
Max Planck Institute of Biophysics - Alemania
Goethe-Universität Frankfurt am Main - Alemania
47 Iglesias-Fernandez, Javier - Nostrum Biodiscovery NBD - España
48 Jensen, Jan H. - Univ Copenhagen - Dinamarca
Københavns Universitet - Dinamarca
49 Jha, Shantenu - Rutgers Univ New Brunswick - Estados Unidos
Department of Electrical and Computer Engineering - Estados Unidos
50 Jiao, Wanting - Victoria Univ Wellington - Nueva Zelanda
Victoria University of Wellington - Nueva Zelanda
51 Jorgensen, William L. - YALE UNIV - Estados Unidos
Yale University - Estados Unidos
52 Kamerlin, Shina C. L. - Lund Univ - Suecia
Georgia Inst Technol - Estados Unidos
Kemiska Institutionen - Suecia
Georgia Institute of Technology - Estados Unidos
53 Khalid, Syma - UNIV OXFORD - Reino Unido
University of Oxford Medical Sciences Division - Reino Unido
54 Laughton, Charles - Univ Nottingham - Reino Unido
University of Nottingham - Reino Unido
55 Levitt, Michael - Stanford Univ - Estados Unidos
Stanford University School of Medicine - Estados Unidos
56 Limongelli, Vittorio - Univ Svizzera Italiana USI - Suiza
UNIVERSITA DELLA SVIZZERA ITALIANA - Suiza
57 Lindahl, Erik - KTH Royal Inst Technol - Suecia
Stockholm Univ - Suecia
The Royal Institute of Technology (KTH) - Suecia
Science for Life Laboratory - Suecia
58 Lindorff-Larsen, Kresten - Univ Copenhagen - Dinamarca
Københavns Universitet - Dinamarca
59 Loverde, Sharon - City Univ New York - Estados Unidos
College of Staten Island - Estados Unidos
60 Lundborg, Magnus - KTH Royal Inst Technol - Suecia
The Royal Institute of Technology (KTH) - Suecia
61 Luo, Yun L. - Western Univ Hlth Sci - Estados Unidos
Western University of Health Sciences - Estados Unidos
62 Luque, F. Javier - Univ Barcelona - España
Universitat de Barcelona - España
63 Lynch, Charlotte I. - UNIV OXFORD - Reino Unido
University of Oxford Medical Sciences Division - Reino Unido
64 Mackerell, Alexander D. - UNIV MARYLAND - Estados Unidos
University of Maryland School of Pharmacy - Estados Unidos
65 Magistrato, Alessandra - Natl Res Council Italy CNR - Italia
Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati - Italia
66 Marrink, Siewert J. - Univ Groningen - Países Bajos
Groningen Biomolecular Science and Biotechnology Institute - Países Bajos
67 Martin, Hugh - Univ London Univ Coll - Reino Unido
University College London - Reino Unido
68 Mccammon, J. Andrew - Univ Calif - Estados Unidos
University of California, San Diego - Estados Unidos
Department of Pharmacology - Estados Unidos
69 Merz, Kenneth - Cleveland Clin Lerner Res Inst - Estados Unidos
Michigan State Univ - Estados Unidos
Cleveland Clinic Foundation - Estados Unidos
70 Moliner, Vicent - Univ Jaume 1 - España
Universidad Jaume I - España
71 Mulholland, Adrian J. - Univ Bristol - Reino Unido
University of Bristol - Reino Unido
72 Murad, Sohail - IIT - Estados Unidos
Armour College of Engineering - Estados Unidos
73 Naganathan, Athi N. - Indian Inst Technol Madras - India
Indian Institute of Technology Madras - India
74 Nangia, Shikha - Syracuse Univ - Estados Unidos
College of Engineering and Computer Science - Estados Unidos
75 Noe, Frank - FREE UNIV BERLIN - Alemania
Freie Univ - Alemania
Rice Univ - Estados Unidos
Microsoft Res AI4Science - Alemania
Freie Universität Berlin - Alemania
Rice University - Estados Unidos
76 Noy, Agnes - Univ York - Reino Unido
University of York - Reino Unido
77 Olah, Julianna - Budapest Univ Technol & Econ - Hungría
Budapest University of Technology and Economics - Hungría
78 O'Mara, Megan L. - UNIV QUEENSLAND - Australia
The University of Queensland - Australia
79 Ondrechen, Mary Jo - Northeastern Univ - Estados Unidos
80 Onuchic, Jose N. - Rice Univ - Estados Unidos
Rice University - Estados Unidos
81 Onufriev, Alexey - VIRGINIA POLYTECH INST & STATE UNIV - Estados Unidos
Virginia Tech College of Engineering - Estados Unidos
Virginia Polytechnic Institute and State University - Estados Unidos
82 Osuna, Silvia - Univ Girona - España
Catalan Inst Res & Adv Studies ICREA - España
Universitat de Girona - España
Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats - España
83 Palermo, Giulia - Univ Calif Riverside - Estados Unidos
University of California, Riverside - Estados Unidos
Marlan and Rosemary Bourns College of Engineering - Estados Unidos
84 Panchenko, Anna R. - Queens Univ - Canadá
Queen's University, School of Medicine - Canadá
Queen’s University - Canadá
85 Pantano, Sergio - Inst Pasteur Montevideo - Uruguay
UdelaR - Uruguay
DETEMA - Uruguay
86 Parish, Carol - Univ Richmond - Estados Unidos
University of Richmond - Estados Unidos
87 Parrinello, Michele - Italian Inst Technol - Italia
Istituto Italiano di Tecnologia - Italia
88 Perez, Alberto - UNIV FLORIDA - Estados Unidos
University of Florida - Estados Unidos
89 Perez-Acle, Tomas - Fundación Ciencia y Vida - Chile
Universidad San Sebastián - Chile
90 Perilla, Juan R. - Univ Delaware - Estados Unidos
University of Delaware - Estados Unidos
91 Pettitt, B. Montgomery - Univ Texas Med Branch - Estados Unidos
The University of Texas Medical Branch at Galveston - Estados Unidos
92 Pietropaolo, Adriana - Univ Catanzaro - Italia
Università degli studi Magna Graecia di Catanzaro - Italia
93 Piquemal, Jean-Philip - Sorbonne Univ - Francia
Sorbonne Université - Francia
94 Poma, Adolfo B. - Polish Acad Sci - Polonia
Institute of Fundamental Technological Research of the Polish Academy of Sciences - Polonia
95 Praprotnik, Matej - Natl Inst Chem - Eslovenia
Univ Ljubljana - Eslovenia
National Institute of Chemistry Ljubljana - Eslovenia
Univerza v Ljubljani - Eslovenia
96 Ramos, Maria J. - Univ Porto - Portugal
Universidade do Porto - Portugal
97 Ren, Pengyu - Univ Texas Austin - Estados Unidos
Cockrell School of Engineering - Estados Unidos
98 Reuter, Nathalie - Univ Bergen - Noruega
Universitetet i Bergen - Noruega
99 Roitberg, Adrian - UNIV FLORIDA - Estados Unidos
University of Florida - Estados Unidos
100 Rosta, Edina - UCL - Reino Unido
University College London - Reino Unido
101 Rovira, Carme - Catalan Inst Res & Adv Studies ICREA - España
Univ Barcelona - España
Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats - España
Universitat de Barcelona - España
102 Roux, Benoit - UNIV CHICAGO - Estados Unidos
The University of Chicago - Estados Unidos
103 Rothlisberger, Ursula - Swiss Fed Inst Technol EPFL - Suiza
Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne - Suiza
104 Sanbonmatsu, Karissa Y. - Los Alamos Natl Lab - Estados Unidos
New Mex Consortium - Estados Unidos
Los Alamos National Laboratory - Estados Unidos
105 Schlick, Tamar - NYU - Estados Unidos
Courant Institute of Mathematical Sciences - Estados Unidos
New York University - Estados Unidos
106 Shaytan, Alexey K. - Lomonosov Moscow State Univ - Rusia
HSE Univ - Rusia
HSE University - Rusia
107 Simmerling, Carlos - SUNY Stony Brook - Estados Unidos
Stony Brook University - Estados Unidos
108 Smith, Jeremy C. - Oak Ridge Natl Lab - Estados Unidos
UNIV TENNESSEE - Estados Unidos
Oak Ridge National Laboratory - Estados Unidos
The University of Tennessee, Knoxville - Estados Unidos
109 Sugita, Yuji - RIKEN Ctr Computat Sci - Japón
RIKEN Cluster Pioneering Res - Japón
RIKEN Ctr Biosyst Dynam Res - Japón
RIKEN Center for Computational Science - Japón
RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research - Japón
110 Swiderek, Katarzyna - Univ Jaume 1 - España
Universidad Jaume I - España
111 Taiji, Makoto - RIKEN Ctr Biosyst Dynam Res - Japón
RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research - Japón
112 Tao, Peng - Southern Methodist Univ - Estados Unidos
113 Tieleman, D. Peter - Univ Calgary - Canadá
University of Calgary - Canadá
114 Tikhonova, Irina G. - Queens Univ Belfast - Reino Unido
Queen's University Belfast - Reino Unido
115 Tirado-Rives, Julian - YALE UNIV - Estados Unidos
Yale University - Estados Unidos
116 Tunon, Inaki - Univ Valencia - España
Universitat de València - España
117 van der Kamp, Marc W. - Univ Bristol - Reino Unido
University of Bristol - Reino Unido
118 van der Spoel, David - UPPSALA UNIV - Suecia
Uppsala Universitet - Suecia
119 Velankar, Sameer - European Bioinformat Inst - Reino Unido
EMBL’s European Bioinformatics Institute - Reino Unido
120 Voth, Gregory A. - UNIV CHICAGO - Estados Unidos
Department of Chemistry, The University of Chicago - Estados Unidos
121 Wade, Rebecca - Heidelberg Inst Theoret Studies HITS - Alemania
Heidelberg Institute for Theoretical Studies (HITS GmbH) - Alemania
122 Warshel, Ariel - Univ Southern Calif - Estados Unidos
University of Southern California - Estados Unidos
123 Welborn, Valerie Vaissier - Virginia Tech - Estados Unidos
Virginia Polytechnic Institute and State University - Estados Unidos
124 Wetmore, Stacey D. - Univ Lethbridge - Canadá
University of Cambridge - Reino Unido
125 Wheeler, Travis J. - UNIV ARIZONA - Estados Unidos
The University of Arizona Health Sciences - Estados Unidos
126 Wong, Chung F. - Univ Missouri St Louis - Estados Unidos
University of Missouri-St. Louis - Estados Unidos
127 Yang, Lee-Wei - Natl Tsing Hua Univ - Taiwán
National Tsing Hua University - Taiwán
128 Zacharias, Martin - TECH UNIV MUNICH - Alemania
Technische Universität München - Alemania
129 Orozco, Modesto - Univ Barcelona - España
Inst Res Biomed IRB Barcelona - España
Universitat de Barcelona - España
IRB Barcelona - Institute for Research in Biomedicine - España

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Financiamiento



Fuente
European Commission (EC)
European Union’s Horizon Europe programme
Horizon Europe - Research Infrastructures (RIS)
European Union's Horizon Europe programme

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
The authors thank the whole MD community for useful inputs and discussions. The MDDB project is supported by European Union's Horizon Europe programme under grant agreement 101094651 awarded to M.O., E.L., S.V., J.L.G., J.I., A.C. and P.C.B.
The authors thank the whole MD community for useful inputs and discussions. The MDDB project is supported by European Union\u2019s Horizon Europe programme under grant agreement 101094651 awarded to M.O., E.L., S.V., J.L.G., J.I., A.C. and P.C.B.

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