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Insight into the Relationships Between Chemical, Protein and Functional Variables in the PBP/GOBP Family in Moths Based on Machine Learning
Indexado
WoS WOS:001442510700001
Scopus SCOPUS_ID:86000714013
DOI 10.3390/IJMS26052302
Año 2025
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



During their lives, insects must cope with a plethora of chemicals, of which a few will have an impact at the behavioral level. To detect these chemicals, insects use several protein families located in their main olfactory organs, the antennae. Inside the antennae, odorant-binding proteins (OBPs), as the most studied protein family, bind volatile chemicals to transport them. Pheromone-binding proteins (PBPs) and general-odorant-binding proteins (GOPBs) are two subclasses of OBPs and have evolved in moths with a putative olfactory role. Predictions for OBP-chemical interactions have remained limited, and functional data collected over the years unused. In this study, chemical, protein and functional data were curated, and related datasets were created with descriptors. Regression algorithms were implemented and their performance evaluated. Our results indicate that XGBoostRegressor exhibits the best performance (R2 of 0.76, RMSE of 0.28 and MAE of 0.20), followed by GradientBoostingRegressor and LightGBMRegressor. To the best of our knowledge, this is the first study showing a correlation among chemical, protein and functional data, particularly in the context of the PBP/GOBP family of proteins in moths.

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Disciplinas de Investigación



WOS
Chemistry, Multidisciplinary
Biochemistry & Molecular Biology
Scopus
Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Lopez-Cortes, Xaviera A. - Universidad Católica del Maule - Chile
2 Lara, Gabriel - Universidad Católica del Maule - Chile
3 Fernandez, Nicolas - Universidad Católica del Maule - Chile
4 Manriquez-Troncoso, Jose M. - Universidad Católica del Maule - Chile
5 Venthur, Herbert - Universidad de La Frontera - Chile

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Financiamiento



Fuente
Fondecyt Regular
Agencia Nacional de Investigación y Desarrollo
Agencia Nacional de Investigacion y Desarrollo (ANID), FONDECYT REGULAR

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
This research was funded by Agencia Nacional de Investigacion y Desarrollo (ANID), Fondecyt Regular, grant number 1240459.
This research was funded by Agencia Nacional de Investigaci\u00F3n y Desarrollo (ANID), Fondecyt Regular, grant number 1240459.

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