Resumen Introducción: Las micobacterias no tuberculosas (MNT) comprenden un grupo de más de 190 especies descritas a la fecha y pueden producir un amplio espectro de presentaciones clínicas. Si bien la prevalencia de estas infecciones se encuentra en aumento globalmente, su diagnóstico y tratamiento aún representan un desafío. Objetivos: Describir el perfil clínico y epidemiológico de infecciones por MNT en un período evolutivo de 21 años en Chile. Métodos: Estudio retrospectivo y descriptivo con análisis a partir de todos los cultivos positivos para MNT procesados por el Laboratorio de Microbiología de la Red de Salud UC-CHRISTUS, entre mayo de 2000 y octubre de 2021. Resultados: De los 260 cultivos positivos observados, 163 (62,7%) fueron de procedencia pulmonar y 97 (37,3%) extrapulmonar. Del total, 188 (72,3%) fueron especies de MNT de crecimiento lento y 49 (19,8%) de crecimiento rápido. Mycobacterium avium (45,2%) y M. abscessus (26,5%) fueron las especies más frecuentes en cada grupo, respectivamente. La probabilidad de tener enfermedad pulmonar estructural crónica (OR 24,20, IC 95% 3,23-181,00), enfermedad respiratoria crónica (OR 12,60, IC 95% 3,75-42,30), patología cardiovascular (OR 4,71, IC 95% 1,89-11,80) y enfermedad por reflujo gastroesofágico (ERGE) (OR 4,69, IC 95% 1,35-16,30) fue significativamente mayor en los participantes con compromiso pulmonar respecto a aquellos con compromiso extrapulmonar por MNT. El subgrupo de personas que viven con virus de inmunodeficiencia humana (VIH) presentó una asociación significativamente mayor de bacteriemia (OR 11,60, IC 95% 4,74-28,30) pero menor de compromiso pulmonar (OR 0,22, IC 95% 0,11-0,42), respecto a los participantes sin coinfección por VIH. Conclusiones: Este estudio destaca M. avium y M. abscessus como las especies más frecuentes en infecciones por MNT. Además, identifica patologías crónicas pulmonares estructurales, respiratorias y cardiovasculares, ERGE y la infección por VIH como asociaciones significativas para presentaciones específicas.