Resumen: La aptitud física es uno de los marcadores de salud importantes como predictor de morbilidad y mortalidad de enfermedades cardiovasculares. Objetivos: Evaluar la relación entre masa grasa con indicadores antropométricos y comparar el desempeño de la aptitud física entre niños y adolescentes categorizados con adecuado y exceso de masa grasa. Sujetos y Método: estudio transversal descrip tivo en 863 escolares entre 6 a 17,9 años. Se midió el peso, estatura, circunferencia de cintura. Se evaluó la aptitud física (velocidad, agilidad y salto horizontal). Se calculó la masa grasa por ecuación antropométrica, se calculó el índice de masa corporal, índice ponderal, e índice cintura estatura. Se agruparon los datos por edad en 6 grupos. Resultados: Los niños de ambos sexos categorizados con adecuados niveles de masa grasa presentaron valores inferiores de índice de masa corporal, índice ponderal e índice cintura estatura en relación a los niños con elevados niveles de masa grasa. En la aptitud física, los niños con masa grasa adecuada fueron mejores que sus contrapartes con masa grasa elevada. En las niñas con masa grasa adecuada, se observó mejores resultados en el salto horizontal y agilidad durante la adolescencia. No hubo diferencias en la prueba de velocidad. Conclusión: La masa grasa puede ser considerada como una herramienta valiosa para determinar el exceso de grasa corporal y categorizar a niños y adolescentes con adecuado y exceso de masa grasa. Además, presentar niveles aceptables de masa grasa puede contribuir a una mejor forma física en los niños en el salto horizontal, agilidad y velocidad y en las niñas únicamente en el salto horizontal y agilidad.