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Inference of threshold network models of the tryptophan operon in Escherichia coli
Indexado
WoS WOS:001090563700027
Scopus SCOPUS_ID:85174917380
DOI 10.1109/CIBCB56990.2023.10264894
Año 2023
Tipo proceedings paper

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



A recent Boolean model of the tryptophan operon in Escherichia coli has been introduced, which exhibits a desired set of fixed points modeling the operon state being on or off. Nevertheless, when updated synchronously, the model also reveals spurious limit cycles with a larger basin of attraction than the desired fixed points. This paper presents the search via evolutionary computation for threshold network models that exhibit the desired fixed points without any limit cycles. The proposed framework was applied using differential evolution and particle swarm optimization, the latter being the most efficient and effective method based on the results obtained by the simulations. Particle swarm optimization found two correct threshold networks, one of which has only weight values -1,0,1, making the model more interpretable.

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Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 RUZ-HEREDIA, GONZALO ANDRES Hombre Centro de Ecología Aplicada y Sustentabilidad (CAPES) - Chile
Data Observatory Foundation - Chile
Universidad Adolfo Ibáñez - Chile
Centro de Ecología Aplicada y Sustentabilidad - Chile
Data Observ Fdn - Chile
2 IEEE Corporación

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Financiamiento



Fuente
ANID PIA/BASAL
Anid/PIA/Anillo

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Agradecimientos



Agradecimiento
G.A.R. thanks ANID FONDECYT 1230315, ANID PIA/BASAL FB0002, and ANID/PIA/ANILLO ACT210096.

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