Resumen La tuberculosis (TBC) extra-pulmonar alcanza al 26,2% de los casos totales de TBC en Chile. El cultivo es el método estándar de oro, pero es lento. La técnica Xpert® MTB/RIF permite detectar Mycobacterium tuberculosis complex (MTBc) por RPC en tiempo real en menos de 3 h, sin embargo, ha sido validada sólo para muestras respiratorias. El objetivo de este estudio fue determinar la utilidad de la prueba Xpert® MTB/RIF en la detección de MTBc en muestras extra-pulmonares en comparación con un estándar de oro combinado consistente en un cultivo de micobacterias positivo (medio sólido y líquido) y/o un método molecular validado positivo (q-RPC, Cobas® TaqMan-MTB). Se analizaron 50 muestras extra-pulmonares, de las cuales 25 fueron definidas positivas y 25 negativas para MTBc en base a estándar de oro combinado. Las 25 muestras definidas positivas tuvieron un resultado positivo por Xpert® MTB/RIF; de las 25 muestras definidas negativas, 24 tuvieron un resultado negativo y una de ellas un resultado positivo. Se obtuvo una concordancia global entre Xpert® MTB/RIF y el estándar de oro combinado de 98%. La prueba Xpert® MTB/RIF fue capaz de detectar 12 casos de TBC extra-pulmonar con baciloscopia negativa y 3 casos con cultivo negativo. El método Xpert® MTB/RIF ha demostrado tener una sensibilidad similar al q-RPC para detectar MTBc en muestras extra-pulmonares y permite reducir sustancialmente el tiempo de diagnóstico.