Colección SciELO Chile

Departamento Gestión de Conocimiento, Monitoreo y Prospección
Consultas o comentarios: productividad@anid.cl
Búsqueda Publicación
Búsqueda por Tema Título, Abstract y Keywords



Structure-based design and construction of a synthetic phage display nanobody library
Indexado
WoS WOS:000775208500002
Scopus SCOPUS_ID:85127254338
DOI 10.1186/S13104-022-06001-7
Año 2022
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Objective To design and construct a new synthetic nanobody library using a structure-based approach that seeks to maintain high protein stability and increase the number of functional variants within the combinatorial space of mutations. Results Synthetic nanobody (Nb) libraries are emerging as an attractive alternative to animal immunization for the selection of stable, high affinity Nbs. Two key features define a synthetic Nb library: framework selection and CDR design. We selected the universal VHH framework from the cAbBCII10 Nb. CDR1 and CDR2 were designed with the same fixed length as in cAbBCII10, while for CDR3 we chose a 14-long loop, which creates a convex binding site topology. Based on the analysis of the cAbBCII10 crystal structure, we carefully selected the positions to be randomized and tailored the codon usage at each position, keeping at particular places amino acids that guarantee stability, favoring properties like polarity at solvent-exposed positions and avoiding destabilizing amino acids. Gene synthesis and library construction were carried out by GenScript, using our own phagemid vector. The constructed library has an estimated size of 1.75 x 10(8). NGS showed that the amino acid diversity and frequency at each randomized position are the expected from the codon usage.

Revista



Revista ISSN
Bmc Research Notes 1756-0500

Métricas Externas



PlumX Altmetric Dimensions

Muestra métricas de impacto externas asociadas a la publicación. Para mayor detalle:

Disciplinas de Investigación



WOS
Sin Disciplinas
Scopus
Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

Muestra la distribución de disciplinas para esta publicación.

Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



Muestra la distribución de colaboración, tanto nacional como extranjera, generada en esta publicación.


Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Moreno, Ernesto Hombre Univ Medellin - Colombia
Universidad de Medellín - Colombia
2 Valdes-Tresanco, Mario S. Hombre Univ Medellin - Colombia
Universidad de Medellín - Colombia
3 Molina-Zapata, Andrea Mujer Univ Medellin - Colombia
Corp Invest Biol CIB - Colombia
Universidad de Medellín - Colombia
Corporacion para Investigaciones Biologicas - Colombia
4 Sanchez-Ramos, Oliberto - Universidad de Concepción - Chile

Muestra la afiliación y género (detectado) para los co-autores de la publicación.

Financiamiento



Fuente
MinCiencias (Colombia)

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
Library construction and work by AMZ was supported by Minciencias (Colombia) (Grant No. 849-2017).
Library construction and work by AMZ was supported by Minciencias (Colombia) (Grant No. 849-2017).

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.