RESUMEN Los sistemas acuáticos continentales son los ecosistemas más amenazados del mundo por el desarrollo de actividades antropogénicas. Avanzar en el conocimiento de la ecología de estos sistemas, es la base para la creación de medidas de manejo adecuadas para la conservación de estos sistemas. Este estudio, proporciona antecedentes relevantes de la estructura de los ensambles de macroinvertebrados y peces en seis ríos tributarios de la cuenca del río Biobío, caracterizada por una alta alteración hidrológica e índice de fragmentación. Nuestros resultados describen una buena condición ambiental en los ríos evaluados, destacando los ríos Lirquén, Quilme y Mininco, como cursos de agua con alta riqueza y diversidad de especies de macroinvertebrados y peces. De manera estructural, estos ríos constituyen un refugio para especies de peces nativas catalogadas en categorías de conservación En Peligro (Nematogenys inermis, Bullockia maldonadoi, Percilia irwini, Diplomystes nahuelbutaensis). En este sentido, se señala el rol fundamental de estos como reservorios de especies y la importancia a nivel de cuenca de mantener la conectividad de estos tributarios con el curso principal, y no solo la conservación de cada río de manera segregada.