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PHONI: Streamed Matching Statistics with Multi-Genome References
Indexado
WoS WOS:000675592800020
Scopus SCOPUS_ID:85106006610
DOI 10.1109/DCC50243.2021.00027
Año 2021
Tipo proceedings paper

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



Computing the matching statistics of patterns with respect to a text is a fundamental task in bioinformatics, but a formidable one when the text is a highly compressed genomic database. Bannai et al. gave an efficient solution for this case, which Rossi et al. recently implemented, but it uses two passes over the patterns and buffers a pointer for each character during the first pass. In this paper, we simplify their solution and make it streaming, at the cost of slowing it down slightly. This means that, first, we can compute the matching statistics of several long patterns (such as whole human chromosomes) in parallel while still using a reasonable amount of RAM; second, we can compute matching statistics online with low latency and thus quickly recognize when a pattern becomes incompressible relative to the database. Our code is available at https ://github com/koeppl/phoni.

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Disciplinas de Investigación



WOS
Sin Disciplinas
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Computer Networks And Communications
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 Boucher, Christina Mujer UNIV FLORIDA - Estados Unidos
University of Florida - Estados Unidos
2 Gagie, Travis Hombre Dalhousie Univ - Canadá
Dalhousie University - Canadá
3 Tomohiro, I - Kyutech - Japón
Kyushu Institute of Technology - Japón
4 Koeppl, Dominik Hombre TMDU - Japón
Tokyo Medical and Dental University - Japón
5 Langmead, Ben - Johns Hopkins Univ - Estados Unidos
Johns Hopkins University - Estados Unidos
6 Manzini, Giovanni Hombre Univ Piemonte Orientale - Italia
Università degli Studi del Piemonte Orientale "Amedeo Avogadro" - Italia
Università degli Studi del Piemonte Orientale “Amedeo Avogadro” - Italia
7 NAVARRO-BADINO, GONZALO Hombre Universidad de Chile - Chile
8 PACHECO-VALLES, ALEJANDRO Hombre Universidad de Chile - Chile
9 Rossi, Massimiliano Hombre UNIV FLORIDA - Estados Unidos
University of Florida - Estados Unidos
10 Bilgin, A -
11 Marcellin, MW -
12 SerraSagrista, J -
13 Storer, JA -

Muestra la afiliación y género (detectado) para los co-autores de la publicación.

Financiamiento



Fuente
National Science Foundation
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
National Institutes of Health
JSPS KAKENHI
Japan Society for the Promotion of Science
Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada
National Institute of Allergy and Infectious Diseases
NSERC
Basal Funds
NIH NIAID
ANID
ANID, Chile
NSF IIS
FONDECYT, ANID, Chile
National Science Foundation NSF IIBR
National Institutes of Health (NIH) NIAID
NSF SCH: INT

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
MR, TG, BL and CB are funded National Science Foundation NSF IIBR (Grant No. 2029552) and National Institutes of Health (NIH) NIAID (Grant No. HG011392). CB is funded by NSF SCH: INT: (Grant No. 2013998). MR and CB are funded by NSF IIS (Grant No. 1618814) and NIH NIAID (Grant No. R01AI141810). TG is funded by NSERC Discovery Grant RGPIN-071852020. DK is funded by JSPS KAKENHI Grant JP18F18120. GN funded by Basal Funds FB0001 and Fondecyt Grant 1-200038, ANID, Chile. AP funded by Basal Funds FB0001 and Doctoral Scholarship grant 21180760, ANID, Chile.
MR, TG, BL and CB are funded National Science Foundation NSF IIBR (Grant No. 2029552) and National Institutes of Health (NIH) NIAID (Grant No. HG011392). CB is funded by NSF SCH: INT: (Grant No. 2013998). MR and CB are funded by NSF IIS (Grant No. 1618814) and NIH NIAID (Grant No. R01AI141810). TG is funded by NSERC Discovery Grant RGPIN-07185-2020. DK is funded by JSPS KAKENHI Grant JP18F18120. GN funded by Basal Funds FB0001 and Fondecyt Grant 1-200038, ANID, Chile. AP funded by Basal Funds FB0001 and Doctoral Scholarship grant 21180760, ANID, Chile.

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