RESUMEN El maíz es esencial para la alimentación humana y animal en muchos países; particularmente, los maíces con calidad de proteína (MCP) pueden mejorar la dieta de personas con acceso escaso a proteína animal. El objetivo de este estudio fue generar la huella genómica de seis líneas de MCP y sus 15 cruzas simples, analizar la morfometría del pericarpio de las semillas y relacionar ambos aspectos con su calidad de proteína. Las semillas fueron proporcionadas por el Campo Experimental Valle de México del Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP, México). Se hizo la amplificación aleatoria anclada del ADN polimórfico (RAMPD) y el dendrograma se desplegó (NTSYS) con la distancia de Nei y Li. Para las mediciones del pericarpio se hicieron cortes transversales con microtomo en las semillas y se observaron al microscopio. Los experimentos se realizaron (2017) con tres repeticiones (25 semillas) en la Unidad de Biotecnología, Instituto Politécnico Nacional y en la Facultad de Química, Universidad Nacional Autónoma de México (Ciudad de México). Los datos del pericarpio se sometieron a análisis de correlación (P ≤ 0,05) y se incluyeron los contenidos de triptófano, lisina, proteína e índice de calidad de proteína, obtenidos en experimentos previos. El dendrograma agrupó a los MCP altos a distancias menores al 14%. La cruza M3 x M6 tuvo el valor menor (5%). El pericarpio y las células alargadas se asociaron negativamente (P ≤ 0,05) con las variables de calidad de proteína. El espesor del pericarpio se correlacionó directamente (P ≤ 0,05) con el epicarpio, endocarpio, área del mesocarpio y las células alargadas, e inversamente con el mesocarpio. Las relaciones detectadas de los polimorfismos RAMPD y la morfometría del pericarpio con la calidad de proteína, podrían servir para hacer fitomejoramiento asistido de MCP.