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<i>De novo</i> assembly and functional annotation of the heart plus hemolymph transcriptome in the Caribbean spiny lobster <i>Panulirus argus</i>
Indexado
WoS WOS:000593931800009
Scopus SCOPUS_ID:85085067711
DOI 10.1016/J.MARGEN.2020.100783
Año 2020
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



The spiny lobster, Panulirus argus, is an ecologically relevant species in shallow water coral reefs and a target of the most lucrative fishery in the greater Caribbean region. This study reports, for the first time, the heart + hemolymph transcriptome of the Caribbean spiny lobster Panulirus argus assembled from short Illumina 150 bp PE raw reads. A total of 80,152,094 raw reads were assembled using the Oyster River Protocol pipeline. The assembly resulted in a total of 254,773 transcripts. Functional gene annotation was conducted using the software package ‘dammit’. Lastly, gene enrichment analyses were conducted using the Gene Ontology (GO) and KEGG pathway (Kaas) databases. This resource will be of utmost importance in future research aiming at exploring the effect of local and regional anthropogenic disturbances, as well as global climate change on the molecular physiology of this overexploited species.

Revista



Revista ISSN
Marine Genomics 1874-7787

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Disciplinas de Investigación



WOS
Genetics & Heredity
Scopus
Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 BAEZA-MIGUELES, JUAN ANTONIO Hombre Clemson University - Estados Unidos
Smithsonian Marine Station - Estados Unidos
Universidad Católica del Norte - Chile
Clemson Univ - Estados Unidos
Smithsonian Marine Stn Ft Pierce - Estados Unidos
2 MacManes, Matthew Hombre University of New Hampshire Durham - Estados Unidos
Univ New Hampshire - Estados Unidos

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Origen de Citas Identificadas



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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 33.33 %
Citas No-identificadas: 66.67 %

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Citas Identificadas: 33.33 %
Citas No-identificadas: 66.67 %

Financiamiento



Fuente
Sin Información

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Agradecimientos



Agradecimiento
JAB thanks Dr. Vincent P. Richards for bioinformatics support during the development of this project. Many thanks to Timothy Cronin for improving the English language of this manuscript. This research did not receive any specific grant from funding agencies in the public, commercial, or not-for-profit sectors. The authors declare that they have no known competing financial interests or personal relationships that could have appeared to influence the work reported in this paper.

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