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Genomic prediction of growth and stem quality traits in Eucalyptus globulus Labill. at its southernmost distribution limit in Chile
Indexado
WoS WOS:000455069600051
Scopus SCOPUS_ID:85059034490
DOI 10.3390/F9120779
Año 2018
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



The present study was undertaken to examine the ability of different genomic selection (GS) models to predict growth traits (diameter at breast height, tree height and wood volume), stem straightness and branching quality of Eucalyptus globulus Labill. trees using a genome-wide Single Nucleotide Polymorphism (SNP) chip (60 K), in one of the southernmost progeny trials of the species, close to its southern distribution limit in Chile. The GS methods examined were Ridge Regression-BLUP (RRBLUP), Bayes-A, Bayes-B, Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO), principal component regression (PCR), supervised PCR and a variant of the RRBLUP method that involves the previous selection of predictor variables (RRBLUP-B). RRBLUP-B and supervised PCR models presented the greatest predictive ability (PA), followed by the PCR method, for most of the traits studied. The highest PA was obtained for the branching quality (0.7). For the growth traits, the maximum values of PA varied from 0.43 to 0.54, while for stem straightness, the maximum value of PA reached 0.62 (supervised PCR). The study population presented a more extended linkage disequilibrium (LD) than other populations of E. globulus previously studied. The genome-wide LD decayed rapidly within 0.76 Mbp (threshold value of r(2) = 0.1). The average LD on all chromosomes was r(2) = 0.09. In addition, the 0.15% of total pairs of linked SNPs were in a complete LD (r(2) = 1), and the 3% had an r(2) value >0.5. Genomic prediction, which is based on the reduction in dimensionality and variable selection may be a promising method, considering the early growth of the trees and the low-to-moderate values of heritability found in the traits evaluated. These findings provide new understanding of how develop novel breeding strategies for tree improvement of E. globulus at its southernmost range limit in Chile, which could represent new opportunities for forest planting that can benefit the local economy.

Revista



Revista ISSN
Forests 1999-4907

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Disciplinas de Investigación



WOS
Forestry
Scopus
Forestry
SciELO
Sin Disciplinas

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Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 BALLESTA-MUNOZ, PAULINA ANDREA Mujer Universidad de Talca - Chile
2 Serra, Nicolle Mujer Semillas Imperial SpA - Chile
3 GUERRA-GUERRERO, FERNANDO PATRICIO Hombre Universidad de Talca - Chile
4 HASBUN-ZAROR, RODRIGO JORGE Hombre Universidad de Concepción - Chile
5 MORA-POBLETE, FREDDY Hombre Universidad de Talca - Chile

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Origen de Citas Identificadas



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Citas Identificadas: 21.43 %
Citas No-identificadas: 78.57 %

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Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 21.43 %
Citas No-identificadas: 78.57 %

Financiamiento



Fuente
FONDECYT
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
Fondo Nacional de Desarrollo Científico, Tecnológico y de Innovación Tecnológica
Semillas Imperial SpA

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Agradecimientos



Agradecimiento
The study was supported by FONDECYT (grant number 1170695) and Semillas Imperial SpA.
Acknowledgments: We would like to thank FONDECYT (grant number 1170695) and Semillas Imperial SpA. Paulina Ballesta thanks CONICYT-PCHA/Doctorado Nacional/año 2016-folio 21160624.

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