Durante un ciclo anual se analizan las variables físicas, químicas y biológicas en tres estaciones y a tres niveles de profundidad en la bahía de Bajo Molle, Iquique, caracterizada por una escasa influencia antropogénica. Los parámetros analizados mostraron valores normales, donde temperatura, coeficiente de extinción de la luz fluctuaron en respuesta a la típica señal anual de variación. El pH, fósforo total, sólidos totales y detergentes mostraron una suave fluctuación. En cambio, nitrógeno total, sólidos suspendidos totales, sólidos sedimentables y aceites y grasas mostraron una fuerte oscilación. Al comparar las bahías de Bajo Molle e Iquique variables como aceites y grasas, nitrógeno total, fósforo total y coliformes fecales presentaron las mayores diferencias. Los resultados de línea base obtenidos en bahía Bajo Molle sirven de comparación para detectar problemas en puntos críticos de la zona litoral de Iquique