El presente reporte de investigación desarrolla un marco teórico de referencia asociado a las nociones de complejidad y organización disciplinaria, en el contexto del entendimiento de los procesos de generación, comunicación, organización y legitimación del conocimiento en universidades chilenas. Desde esta base, se exponen y discuten los resultados de una investigación en torno a la interpretación de las bases epistemológicas subyacentes a las políticas y prospectivas de desarrollo de universidades chilenas en este contexto.