Se aislaron y caracterizaron 18 cepas autóctonas de bacterias con el objetivo de seleccionar aquellas con características funcionales definidas para ser utilizadas como cultivos iniciadores en la producción de queso fresco. La investigación se dividió en tres etapas: (1) evaluación de las características funcionales (actividad proteolítica, actividad lipolítica, capacidad acidificante y producción de gas); (2) selección e identificación fenotípica de las cepas y (3) validación de su aplicación como cultivos iniciadores a nivel de laboratorio (pruebas de antagonismo y cinética de crecimiento en leche). Los géneros identificados fueron Lactobacillus (56%), Lactococcus (22%) y Leuconostoc (22%), que presentaron bajo poder acidificante, sin producción de gas y sólo 3 de las 18 cepas presentaron actividad lipolítica, mientras que la mayoría desarrolló actividad proteolítica. A partir de los parámetros cinéticos evaluados, es posible inferir el desempeño de las cepas lácticas, permitiendo con ello mejorar el control sobre los procesos, la vida útil y la calidad microbiológica del producto lácteo terminado.