En este estudio se analizó la adaptación de dos inóculos, tomados en una industria láctea y una industria cervecera, en digestores anaeróbicos de mezcla completa (CSTR). El estudio es necesario porque en el uso de la tecnología anaeróbica, el arranque del sistema es crítico y lento, y para acelerar el tiempo de arranque de un digestor anaeróbico, se recurre a la inoculación. Se caracterizaron los residuos de alimentos y los inóculos, se alimentaron los digestores a una misma concentración y composición del residuo orgánico, y se analizó la reacción de degradación durante 150 días. La adaptación del inóculo dos (industria cervecera) al residuo orgánico fue más rápida y estable en el proceso de degradación, lo que dio un mayor rendimiento de biogás y concentración de metano (48.3%). Sistemas de digestión operando con un pH por debajo de 6.5 producen biogás con bajo contenido de metano.