Se presenta una metodología para la gestión de los riesgos operacionales en una compañía proveedora de servicios logísticos, particularmente para los servicios de transporte y almacenamiento. Según informes nacionales e internacionales, estos servicios son los que más se subcontratan en la actualidad. La metodología desarrollada utiliza una lista de chequeo para la identificación de los riesgos, y la matriz de probabilidad e impacto, además del análisis jerárquico difuso (fuzzy analytic hierarchy process, AHP) para la priorización de los mismos. La metodología ha sido validada en una empresa 3PL colombiana (servicios de logística tercerizados) encontrándose que los riesgos más relevantes son delitos como robos y actos terroristas. También aparecen otros problemas tales como las huelgas y los defectos técnicos en el transporte terrestre de las mercancías y el robo de la mercancía, desastres naturales y deterioro en el almacenamiento. Esta metodología le permite a la organización emprender acciones para minimizar los riesgos que mayor impacto tienen en los resultados globales de la organización.