Resumen La presente investigación muestra los resultados de rendimiento del proceso de extracción de pectina de la cáscara del fruto de maracuyá (Passiflora edulis flavicarpa) asistida por microondas y el contenido de metoxilo de la pectina obtenida. Se usó un diseño completamente aleatorizado con arreglo factorial 33 por triplicado, con los siguientes factores: tiempo de extracción, potencia del microondas y concentración de la solución de HCl. Se realizó un análisis de varianza y un test de comparación de medias con un nivel de significancia del 5%. Las condiciones que arrojaron el mayor rendimiento en pectina (68,76%) en base húmeda fueron: tiempo de 100 segundos, potencia de 1000 vatios y concentración de solución de HCl de 0,24 N. Para este tratamiento, el porcentaje del contenido de metoxilo de la pectina obtenida fue del 6,86% (p/p), clasificando a la pectina como de bajo metoxilo.