Resumen: El objetivo de esta investigación es determinar la relación entre cooperación universidad - empresa y su efecto sobre el desempeño innovador empresarial. El trabajo examina el efecto de la cooperación entre universidad - empresa acerca del desempeño innovador empresarial y determina si el tamaño de la empresa y los gastos en investigación y desarrollo son factores que influyen para desarrollar la cooperación universidad-empresa para la innovación. Se utilizó la encuesta nacional de actividades de innovación del Ecuador año 2013 con una muestra estratificada de 2.815 empresas de 24 provincias del Ecuador. Para el análisis econométrico se utilizó los modelos logit, probit y tobit. Los hallazgos de la investigación indican que la cooperación universidad - empresa influye positivamente en el desarrollo de la innovación empresarial, y existe influencia del tamaño de las empresas en la vinculación universidad- empresa. Sin embargo, esta doble hélice no presenta relación con la inversión en investigación y desarrollo de las empresas en Ecuador.