En general, el conteo directo refleja más la abundancia microbiológica que el conteo de placas. Se han desarrollado técnicas microbiológicas para reconocer y contar microorganismos en sistemas naturales pero han tenido problemas con la confiabilidad de sus resultados. Frecuentemente, métodos distintos dan diferentes resultados para la enumeración de un organismo específico. Para la examinación directa al microscopio de bacterias, los sistemas digitales automatizados representan un posible avance en la identificación y conteo, eliminando una predisposición del observador y reduciendo costos y tiempo de análisis. En este trabajo se desarrolló un programa computacional para evaluar la utilidad de sistemas ópticos coherentes para el reconocimiento de Vibrio cholerae 01, mediante correlación de color en cultivos de laboratorio y de muestras ambientales teñidas con anticuerpos monoclonales fluorescentes. De muestras de laboratorio probamos 94 muestras positivas y 115 negativas y 33 muestras positivas y 34 negativas de muestras ambientales y 613 muestras positivas y 546 negativas de muestras de mesocosmos. En muestras de laboratorio se llevó a cabo una correcta identificación, un conteo de células y una discriminación a un 100%. La sensibilidad del sistema digital en muestras ambientales como en muestras análogas al ambiente varió de 91% a 94% y tuvo un 99,5% de discriminación entre otras bacterias o partículas. Basados en los valores absolutos de correlación en los componentes rojo, verde y azul de las imágenes policromáticas de V. cholerae 01 (canales RGB), el algorítmo para contar e identificar correlacionó bien con los picos en la salida del canal verde y no hubo picos de salida en los canales rojo y azul. El criterio de discriminación correlacionó bien con los picos presentes en los canales rojo y azul. Concluímos que el sistema digital de correlación de color para identificar y contar V. cholerae 01 de muestras ambientales y de laboratorio es una herramienta útil con alta confiabilidad.