Se analizó el impacto del fenómeno El Niño (1997-1998) sobre la dinámica espacial, así como sobre los cambios en los patrones de agregación de los huevos y larvas de anchoveta debido a la alteración de las anomalías térmicas. Se realizaron seis campañas bio-oceanográficas en el norte de Chile desde Arica (18°29'S, 70°19'W) a Antofagasta (23°38'S, 70°24'W) durante diferentes períodos (antes y durante) del evento El Niño 1997-1998. Se registraron cambios en la distribución vertical y patrones de agregación de las larvas de anchoveta, así como un aumento de la biomasa de zooplancton con la llegada de El Niño; además, las preferencias ecológicas de la anchoveta fueron alteradas por el desplazamiento gradual hacia el sur de las zonas de desove como resultado de la llegada de aguas cálidas subtropicales. Un aumento en la biomasa del zooplancton vinculada a un cambio en la composición de especies sugiere un impacto negativo en la alimentación de las larvas de anchoveta. Los resultados obtenidos indicarían que cambios bruscos en el ambiente tendrían consecuencias inmediatas en la distribución de los estados tempranos de la anchoveta, causando un potencial impacto en el reclutamiento de esta especie pelágica en el Sistema de Corrientes de Humboldt frente al norte de Chile.