Se caracterizó la calidad del agua en un río del sur de Chile a través de un Índice Biótico, en un contexto espacio-temporal y además se analizó la composición y distribución de macroinvertebrados bentónicos y su correlación con 14 parámetros físico-químicos. La toma de muestras ocurrió durante un año en 5 estaciones de muestreo en la cuenca del río Boroa. Se registró un total de 77 taxa, los órdenes más representativos fueron Ephemeroptera (43,30%), Diptera (24,16%) y Plecoptera (18,03%). Las especies más abundantes fueron Meridialaris diguillina, Nousia maculata (Ephemeroptera) y Limnoperla jaffueli (Plecoptera). Acordando al IBF modificado (Índice Biótico de Familias) los resultados indicaron excelente, muy buena y buena calidad de agua, la última calidad fue registrada principalmente en invierno. Los parámetros fisicoquímicos así mismo indicaron calidad de agua excepcional. Estos resultados indican un bajo nivel de impacto antropogénico en la cuenca. Al aplicar el Índice Biótico de Hilsenhoff modificado basado en macroinvertebrados, la influencia de la estacionalidad sobre la calidad del agua fue evidente.