Especies hermanas separadas por el Istmo de Panamá se han utilizado para estimar tasas de evolución molecular. Un reloj molecular calibrado con un evento geológico bien estudiado puede ser de utilidad para proponer hipótesis sobre la historia evolutiva. El Istmo de Panamá emergió completamente hace 3,1 millones de años (m.a.), pero se ha evidenciado que comunidades asociadas a costas rocosas y arrecifes quedaron aisladas en fechas más tempranas (5,1-10,1 m.a.). Se determinó la divergencia de segmentos del gen mitocondrial citocromo oxidasa I (COI) para 2 pares de especies hermanas de quitones. El par Stenoplax purpurascens del Caribe y S. limaciformis del Pacífico oriental tropical, son especies muy similares fenotípicamente. Las especies del segundo par, Acanthochitona rhodea del sur del Caribe y A. ferreirai de las costas pacíficas de Panamá y Costa Rica, fueron tratadas como la misma especie hasta la reciente descripción de A. ferreirai. Utilizando ejemplares recolectados en ambas costas de Costa Rica se compararon secuencias homólogas del gen COI. Para el par de especies del género Stenoplax se determinó una divergencia total de 11,4% pares de bases (bp). Para el par de especies del género Acanthochitona, se encontró una divergencia de 10,4-10,5% bp. Estos valores de divergencia del COI permiten calcular razones de divergencia de 3,7% / m.a. (aislación hace 3,1 m.a.) hasta 1,1% / m.a. (aislación temprana). Esta es la primera calibración del gen COI como reloj molecular para los poliplacóforos.