Para definir la composición de la comunidad fitoplanctónica con énfasis en las especies nocivas en los bancos ostrícolas de la laguna de Términos, SE del Golfo de México, 6 sitios de muestreo fueron monitoreados mensualmente desde agosto 2012 a septiembre 2013. Se midió la temperatura del agua, salinidad, potencial de hidrógeno, saturación de oxígeno, nutrientes inorgánicos y la abundancia de fitoplancton. La temperatura y la salinidad se caracterizaron por diferencias estacionales marcadas. Los valores de pH y saturación de oxígeno sugirieron un predominio de la actividad fotosintética. La comunidad fitoplanctónica se caracterizó por el predominio de nanoflagelados y diatomeas. La abundancia de fitoplancton y su variación estacional presentaron los valores mínimos (10³ células L-1) durante la época de secas (febrero-mayo) y valores altos (10(6) células L-1) durante la temporada de lluvias (junio-septiembre). Otra característica importante de la comunidad fitoplanctónica fue la presencia de especies de dinoflagelados nocivos: Akashiwo sanguinea, Karenia cf. mikimotoi, Pyrodinium bahamense var. bahamense, Prorocentrum mexicanum y P. minimum. Las cianobacterias Anabaena y Cylindrospermopsis cuspis alcanzaron abundancias de 1.9x10(6) y 1.3x10(6) células L-1, respectivamente. Los géneros Alexandrium y Pseudo-nitzschia estuvieron presentes, pero los taxones no fueron identificados a nivel de especie. En conclusión, la comunidad fitoplanctónica se somete a cambios en la composición de especies y en la estructura de la comunidad durante cada temporada climática, en respuesta a la variación ambiental, que permite el desarrollo de la comunidad fitoplanctónica de acuerdo a las condiciones imperantes.