Introducción: Se ha descrito variabilidad ambiental de Echinococcus granulosus (Eg). Se han reportado 10 genotipos y cierta heterogenicidad intergenotipo en estudios con material proveniente de animales. El objetivo de este estudio es describir los resultados de un protocolo de genotipificación de Eg en muestras de hidatidosis humana. Material y método: Estudio de corte transversal. Se recolectó el líquido hidatídico de una muestra consecutiva de pacientes intervenidos quirúrgicamente por hidatidosis hepática y pulmonar en hospitales de Temuco entre julio de 2004 y septiembre de 2005. Se diseñó un protocolo de extracción de ADN para Eg en muestras homogeneizadas de aspirado de quistes hidatídicos. Se emplearon 2 sistemas de reacción de polimerasa en cadena (PCR): PCREg9 y PCREg16; ambos en concentraciones de MgCl2 al 2mM. Para PCREg9, se utilizaron los primers Eg9F y Eg9R a concentraciones de 0.5 mM, empleándose 35 ciclos con temperatura de hibridación a 60°C. Para PCREg16 se utilizaron los primers Eg16F y Eg16R a concentraciones de 0,5 mM, empleándose 35 ciclos con temperatura de hibridación a 65°C. Los productos de las PCR fueron digeridos con una enzima de restricción (Rsa1) para la discriminación de los genotipos. Resultados: Se analizaron 25 muestras, 4 provenientes de quistes pulmonares y 21 de quistes hepáticos. Se logró amplificación de Eg en 22 de 25 muestras (88%). La digestión enzimática reveló la presencia de 3 genotipos posibles: en 21 de 22 muestras (95,45%) se observó un patrón de restricción correspondiente a los genotipos G1 ó G7 y en la muestra restante a los genotipos G4 ó G7. Conclusión: Con los sistemas de PCR empleados se detectó ADN de Eg