Esta investigación analizó la colaboración entre universidades chilenas en el marco del programa MECESUP. Los resultados de la investigación pusieron de manifiesto que esta fue un fenómeno poco común y cada vez menos frecuente en este programa. Dentro de la pobre colaboración detectada, fueron solo algunas instituciones regionales del centro-sur de Chile las que tomaron un rol protagónico durante los últimos años, con redes de colaboración compuestas por unidades responsables de su ejecución cada vez más similares. Sin embargo, lo más sobresaliente de este estudio es que los resultados obtenidos parecen tener una estrecha relación con una medida de complejidad propuesta para las instituciones participantes en estos proyectos y la heterogeneidad del sistema de universidades estudiado.