En este trabajo se presenta el diseño por actividades de dos asignaturas con el objeto de desarrollar competencias genéricas en los estudiantes. Entre éstas se considera la expresión oral y escrita, así como competencias específicas tanto de Parasitología Ambiental, como de Química Orgánica Ambiental. También se describe la evaluación de dichas competencias. Todo esto en el marco de los objetivos y exigencias del Espacio Europeo de Educación Superior (EEES). En este contexto el EEES propone apoyar el desarrollo personal de los estudiantes para que sean competentes en sus futuras carreras profesionales y en su vida como ciudadanos activos. Este artículo expone la experiencia de varios años de trabajo con alumnos de la titulación de Ciencias Ambientales de la Universidad de Almería (España). La principal conclusión es que trabajar competencias genéricas en las asignaturas mencionadas, obliga a reducir contenidos teóricos, aunque el nuevo diseño ha permitido una mayor implicación e interés por parte del alumno, quienes adquieren competencias que antes no tenían.