Con la finalidad de prevenir la conducta antisocial, el estudio de las bases biológicas de la empatía ha cobrado especial relevancia en los últimos años. Diversos estudios han resaltado la implicación del eje hipotálamo-hipófisis-adrenal (HHA) y el cortisol en la empatía, pero son escasos los que han estudiado la relación entre esta y la respuesta matutina de cortisol (CAR, por su nombre en inglés Cortisol Awakening Response) como indicador de la actividad basal del HHA. Este estudio analiza la asociación entre la empatía, tanto cognitiva como emocional, y la CAR en 39 hombres y 91 mujeres (47 fase folicular y 44 fase lútea del ciclo menstrual). La CAR se obtuvo a partir de muestras de saliva recogidas al despertar y a los 30, 45 y 60 minutos posteriores, la empatía se evaluó mediante el Índice de Reactividad Interpersonal (Interpersonal Reactivity Index). Los resultados muestran que las mujeres exhiben mayor empatía cognitiva cuando mayor es el incremento de la CAR durante la fase folicular. Los hombres muestran menor simpatía o contagio emocional cuando es mayor el incremento de la CAR. Por tanto, las diferencias entre empatía y simpatía, en función del género y de la fase del ciclo menstrual en las mujeres, podrían ser explicadas por la existencia de patrones psicobiológicos distintos.