Colección SciELO Chile

Departamento Gestión de Conocimiento, Monitoreo y Prospección
Consultas o comentarios: productividad@anid.cl
Búsqueda Publicación
Búsqueda por Tema Título, Abstract y Keywords



Transcriptome analysis in Concholepas concholepas (Gastropoda, Muricidae): Mining and characterization of new genomic and molecular markers
Indexado
WoS WOS:000294985500009
Scopus SCOPUS_ID:80051919733
DOI 10.1016/J.MARGEN.2011.05.002
Año 2011
Tipo artículo de investigación

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



The marine gastropod Concholepas concholepas, locally known as the "loco", is the main target species of the benthonic Chilean fisheries. Genetic and genomic tools are necessary to study the genome of this species in order to understand the molecular basis of its development, growth, and other key traits to improve the management strategies and to identify local adaptation to prevent loss of biodiversity. Here, we use pyrosequencing technologies to generate the first transcriptomic database from adult specimens of the loco. After trimming, a total of 140,756 Expressed Sequence Tag sequences were achieved. Clustering and assembly analysis identified 19,219 contigs and 105,435 singleton sequences. BlastN analysis showed a significant identity with Expressed Sequence Tags of different gastropod species available in public databases. Similarly, BlastX results showed that only 895 out of the total 124,654 had significant hits and may represent novel genes for marine gastropods. From this database, simple sequence repeat motifs were also identified and a total of 38 primer pairs were designed and tested to assess their potential as informative markers and to investigate their cross-species amplification in different related gastropod species. This dataset represents the first publicly available 454 data for a marine gastropod endemic to the southeastern Pacific coast, providing a valuable transcriptomic resource for future efforts of gene discovery and development of functional markers in other marine gastropods. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Revista



Revista ISSN
Marine Genomics 1874-7787

Métricas Externas



PlumX Altmetric Dimensions

Muestra métricas de impacto externas asociadas a la publicación. Para mayor detalle:

Disciplinas de Investigación



WOS
Genetics & Heredity
Scopus
Sin Disciplinas
SciELO
Sin Disciplinas

Muestra la distribución de disciplinas para esta publicación.

Publicaciones WoS (Ediciones: ISSHP, ISTP, AHCI, SSCI, SCI), Scopus, SciELO Chile.

Colaboración Institucional



Muestra la distribución de colaboración, tanto nacional como extranjera, generada en esta publicación.


Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 CARDENAS-HINOJOSA, LISSETTE JANINA Mujer Universidad Austral de Chile - Chile
2 Sanchez, Roland Hombre Universidad Austral de Chile - Chile
3 GOMEZ-GARCIA, DANIELA ALEJANDRA Mujer Universidad Austral de Chile - Chile
4 Fuenzalida, Gonzalo Hombre Universidad Austral de Chile - Chile
5 GALLARDO-ESCARATE, CRISTIAN JORGE Hombre Universidad de Concepción - Chile
6 Tanguy, Arnaud Hombre UNIV PARIS 06 - Francia
CNRS - Francia
Sorbonne Université - Francia
Adaptation et Diversité en Milieu Marin - Francia

Muestra la afiliación y género (detectado) para los co-autores de la publicación.

Origen de Citas Identificadas



Muestra la distribución de países cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 33.33 %
Citas No-identificadas: 66.67 %

Muestra la distribución de instituciones nacionales o extranjeras cuyos autores citan a la publicación consultada.

Citas identificadas: Las citas provienen de documentos incluidos en la base de datos de DATACIENCIA

Citas Identificadas: 33.33 %
Citas No-identificadas: 66.67 %

Financiamiento



Fuente
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico
FONDECYT (Fondo Nacional de Desarrollo Cientifico y Tecnologico)

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.

Agradecimientos



Agradecimiento
This work was funded by FONDECYT (Fondo Nacional de Desarrollo Cientifico y Tecnologico) grant # 11080068 to LC. We would like to thank the undergraduate students involved in study as well as the fishermen from the Asociacion de Pescadores Artesanales-Los Molinos (Valdivia-Chile). We also give thanks to Lucia Briones for her laboratory assistance and to Lafayette Eaton for his comments that improve the final version of this manuscript.
This work was funded by FONDECYT (Fondo Nacional de Desarrollo Científico y Tecnológico) grant # 11080068 to LC. We would like to thank the undergraduate students involved in study as well as the fishermen from the Asociación de Pescadores Artesanales-Los Molinos (Valdivia-Chile). We also give thanks to Lucia Briones for her laboratory assistance and to Lafayette Eaton for his comments that improve the final version of this manuscript.

Muestra la fuente de financiamiento declarada en la publicación.