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Elastic Nets for Detection of Up-Regulated Genes in Microarrays
Indexado
WoS WOS:000312463700019
Scopus SCOPUS_ID:84880636756
DOI 10.1007/978-3-642-32909-8_19
Año 2012
Tipo proceedings paper

Citas Totales

Autores Afiliación Chile

Instituciones Chile

% Participación
Internacional

Autores
Afiliación Extranjera

Instituciones
Extranjeras


Abstract



DNA analysis by microarrays is a powerful tool that allows replication of the RNA of hundreds of thousands of genes at the same time, generating a large amount of data in multidimensional space that must be analyzed using informatics tools. Various clustering techniques have been applied to analyze the microarrays, but they do not offer a systematic form of analysis. This paper proposes the use of Zinovyev's Elastic Net in an iterative way to find patterns of up-regulated genes. The new method proposed has been evaluated with up-regulated genes of the Escherichia Coli k12 bacterium and is compared with the Self-Organizing Maps (SOM) technique frequently used in this kind of analysis. The results show that the proposed method finds 87% of the up-regulated genes, compared to 65% of genes found by the SOM. A comparative analysis of Receiver Operating Characteristic with SOM shows that the proposed method is 12% more effective.

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Autores - Afiliación



Ord. Autor Género Institución - País
1 LEVANO-HUAMACCTO, MARCOS ANTONIO Hombre Universidad Católica de Temuco - Chile
2 MELLADO-GATICA, ALEJANDRO MAURICIO Hombre Universidad Católica de Temuco - Chile
3 Jayne, C -
4 Yue, S -
5 Iliadis, L -

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Financiamiento



Fuente
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Agradecimientos



Agradecimiento
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